Pendant la récolte, entre février et mai, les paysans récoltent les fruits mûrs, de couleur rouge et jaune, dans leurs chakras. Les employés de la coopérative rassemblent le cacao fraîchement récolté dans les villages, même les plus éloignés, pour les amener le plus rapidement possible dans les nouveaux centres de collection décentralisés. Là-bas, les fèves sont séparées de leurs péricarpes et ensuite fermentées pendant 5 à 6 jours dans de grandes caisses en bois remplies d’eau.
Pendant la fermentation, les fèves chauffent, le germe dépérit et les substances amères se réduisent. C’est ainsi que naît l’arôme caractéristique du Cacao Nacional.
Les fèves fermentées sont ensuite étalées sur de grandes tables en bois et séchées au soleil. Après avoir été soigneusement triées et conditionnées dans des sacs de jute, le Cacao Nacional passe par Quito pour gagner le port de Guayaquil, puis voyage via Rotterdam à Bâle.